Judicializar el proceso de ejecución no consiste únicamente en generar mecanismos procesales para el control de la pena sino también permitir que el condenado pueda defenderse, no ya de la imputación sino de una ejecución descarriada de la pena. Para ello se debe permitir que el condenado continué contando con asistencia técnica, de modo que pueda hacer valer sus derechos y el conjunto de garantías que limitan la actividad penitenciaria.

Históricamente la función de los tribunales en materia de ejecución penal se limitaba a la declaración de firmeza de la sentencia, a disponer la devolución de objetos y expedir la orden de libertad del acusado, cuando se trataba de una absolutoria, o solicitar el pago de la multa u ordenar el arresto subsidiario, si la condena era de multa, o a establecer, en caso de condena a prisión o presidio o muerte, el cómputo de la prisión provisional y de la fecha de cumplimiento de la pena, a fin de remitirlo a la institución donde debiera cumplirla o ser ejecutada.
Todas las demás incidencias de la ejecución, sobre todo en materia de penas privativas de libertad, correspondía a la Administración, a tal grado, que el Poder Ejecutivo, en ese esquema, estaba facultado para evaluar el desempeño de los reclusos durante la ejecución, otorgar cambios de régimen y beneficios en el cumplimiento de la pena.
 Sin embargo, desde mediados del siglo XX se ha venido extendiendo la concepción de que el Poder Judicial debe tener más protagonismo en la ejecución judicial y extender sus facultades de control a todos los incidentes que se susciten en el cumplimiento de las penas. No cabe dudar que la extensión de las facultades jurisdiccionales en la fase de ejecución de la sentencia ha redundado en la democratización del proceso penal y ha ampliado considerablemente las posibilidades de defensa de los derechos humanos de los penados, en todos los países donde se ha establecido.
En Sonora, antes del 18 de junio de 2014 entrará en vigor la Ley de Ejecución de Sanciones Penales y Medidas de Seguridad del Estado, por lo que desde hace varios meses el Poder Judicial de la entidad capacita a su personal.

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